Fokus utama madrasah unggulan pada masa kini atau masa datang adalah melahirkan lulusan yang unggul.
Dewasa ini pendidikan Islam banyak direformulasi (dibangun kembali) oleh para pakar, ahli dan ilmuwan muslim baik pada wilayah konsep dan landasannya, maupun pada wilayah operasional dan pengolahannya.